Les mutants sont parmi nous, n'importe où, même peut-être à coté de vous, dans votre famille, votre cercle d'amis, vos ennemis... mais vous ne les voyez pas tels qu'ils sont réellement. Ils se cachent, par peur de subir d'atroces souffrances ou par peur d'être jugés et rejetés. Tout cela va peut-être changer. Le monde vit encore dans l'ignorance, mais la révélation est proche. Des clans de mutants cherchent à entrer en guerre avec les humains. Ils établissent leurs stratégies afin de dominer le monde et ne plus craindre l'espèce humaine. Cependant, l'un d'eux possède des idées tout à fait différentes. Charles Xavier pense que les mutants et les humains peuvent cohabiter en paix, mais sait qu'il faudra du temps avant que ses désirs ne deviennent réalité.

Nous sommes désormais en 1972, soit dix ans après la guerre des missiles de Cuba. Le sujet "mutant" est toujours un secret bien gardé, par crainte d'affoler la population si leur existence venait à être découverte, mais la CIA n'en a pas fini avec eux. La branche secrète qui avait été crée en 1962 pour leur protection a changé d'objectif depuis deux ans. Dorénavant, les quelques agents de la CIA qui s'y trouvent travaillent sur un projet dont le but est de neutraliser tous les mutants qu'ils découvriront. Face à cet injustice, l'agent McTaggert crée sa propre branche, qui aura pour objectif de protéger les clans innocents comme celui de Charles Xavier. Mais malgré ses efforts, certains groupes de mutants sont toujours prêts à entrer en guerre avec les humains...